V dětství žil ve vesnici Borová na Vysočině. V devíti letech odešel na rok do Jihlavy, kde se učil němčině a také zde začal chápat národnostní rozdíly. Od roku 1833 studoval v Havlíčkově Brodě na gymnáziu (tehdy Německý Brod , dnes je zde muzeum se stálou expozicí věnovanou jeho životu). V roce 1838 gymnázium dokončil. Od roku 1838 studoval filosofii v Praze . Havlíček toužil po tom, aby mohl působit na výchovu českého lidu, vstoupil proto do kněžského semináře . Nelíbily se mu však poměry, které zde panovaly - kněžstvo bylo vychováno v konservatismu a také v duchu protinárodním. Na podzim 1841 proto seminář opustil a stal se až do konce života nekompromisním kritikem římskokatolické církve.
Pamětní deska na rodném domě v Borové
Zprvu byl vlivem Jána Kollára a dalších přátel zastáncem rusofilství a všeslovanské vzájemnosti. Svůj názor výrazně korigoval po ročním pobytu v Rusku, kde působil jako vychovatel u významného profesora. Již roku 1844 se vrátil s přesvědčením, že slovanská vzájemnost je zcela nemožná. Po návratu z Ruska vychází jeho první tištěné dílo v příloze Pražských novin - Obrazy z Rus.
Roku 1846 se stal na doporučení Františka Palackého redaktorem Pražských novin a jejich přílohy Česká včela . Roku 1845 se proslavil brilantní kritikou nového Tylova románu Poslední Čech. Vůči uznávanému spisovateli a dramatikovi si Havlíček nebral servítky. Josef Kajetán Tyl tím dostal řádný zásah do sebevědomí. Havlíčkova kritika měla úspěch, Tyl se bránil, ale o to větší si nakonec uřízl ostudu.
V revolučním kvasu roku 1848 odešel z Pražských novin , a založil vlastní – Národní noviny , které dosáhly velké popularity. Národní noviny byly prvním deníkem v Českých zemích. Ačkoli byl Havlíček jedním z největších zastánců národní myšlenky, formu revoluce spíše odsuzoval. Byl si vědom slabé síly Čechů a případných následků, které mohly vrátit politiku o řadu let zpět. Obě tyto obavy se následným vývojem potvrdily.
Podílel se na organizaci Všeslovanského sjezdu , navštívil Polsko a Chorvatsko , aby přesvědčil tamní spisovatele k účasti na sjezdu.
Roku 1848 po potlačení revoluce byl poprvé zatčen a několik dnů vězněn. Během té doby byl však zvolen poslancem do říšského sněmu a národního výboru . Z důvodu získané imunity jej vojenští správci Prahy propustili. V národním výboru byl poměrně aktivní, ve Vídni však působil více jako novinář než jako poslanec.
Havlíček nadále vystupoval velmi ostře proti vládě, a tak v červnu 1849 byly Národní noviny zakázány. Ministerstvo mu za příslib mírnosti povolilo jejich další vydávání. Havlíček však pokračoval v kritice a v lednu 1850 byly tyto noviny spolu s přílohou Šotek (zde uveřejňoval své epigramy) zakázány. Havlíček byl vykázán z Prahy a po delším hledání se i s rodinou usadil v Kutné Hoře . V jiných místech totiž odmítali jeho texty tisknout. Havlíček v Kutné Hoře založil časopis Slovan , který vycházel 2x týdně. Redaktor byl však neustále sledován několika osobami a podrobován domovním prohlídkám. Několik čísel Slovana bylo zkonfiskováno, Havlíček čelil mnoha obviněním a udáním. Běžně s ním bylo vedeno hned několik soudních sporů najednou, což Havlíček ve Slovanu s osobitým humorem komentoval. Nakonec soustavný tlak nevydržel. I přesto, že dostal několik finančních nabídek, k loajalitě se jej však státní moci koupit nepodařilo. V létě 1851 bylo vydáno opatření, na jehož základě bylo možné zakázat vydávání jakýchkoli tiskovin. Havlíček chtěl úředníky připravit o to, aby sami Slovana zlikvidovali a v srpnu jeho vydávání zastavil. Rozhodl se žurnalistickou práci přerušit a věnovat se rodině. Plánoval založit hospodářství. Na radu Františka Palackého vydal knižně soubor svých článků Duch Národních novin a Kutnohorské epištoly. Prodej Kutnohorských epištol byl policií zakázán, ale přesto se prodaly všechny výtisky. V Kutné Hoře pak policie zabavila v tiskárně dalších 3000 dotištěných výtisků. V listopadu 1851 byl Havlíček postaven před kutnohorský soud a obviněn z několika přečinů. Soud ho ale i na základě jeho brilantní obhajoby a znalosti zákonů osvobodil. Havlíček vydržel státní tlak nejdéle a zastavením Slovana přestaly existovat poslední české noviny.