Pocházel z pražské Malé Strany , narodil se v Újezdských kasárnách. V ulici Ostruhová (později byla přejmenována na Nerudovu ) v domě U Dvou slunců žil v letech 1845–1857. Od roku 1845 studoval na malostranském gymnáziu a od roku 1850 na Akademickém gymnáziu, které tehdy sídlilo v Klementinu. Po maturitě se neúspěšně pokoušel, na nátlak otce, studovat práva. Prošel několika úřednickými zaměstnáními , v nichž ale nebyl spokojen, proto zkusil, tentokrát z vlastní vůle , studovat filosofii (toto studium také nedokončil).
Jako novinář začínal v Národních listech – listu mladočechů , později působil v časopisech Obrazy domova a Čas . Přispíval i do časopisu Květy , spolu s V. Hálkem vydával časopis Lumír.
Roku 1871 byl prohlášen za zrádce národa. [ kým? ] V této době podnikl několik cest do Německa , Francie , Maďarska , Itálie , Řecka a Egypta . O těchto cestách si vedl záznamy, které jsou zajímavým svědectvím o životě této doby, s velmi zajímavými postřehy, které jej ukazují coby dobrého pozorovatele.
Od roku 1883 až do své smrti bydlel na Novém Městě ve Vladislavově ulici 1382/14.
Nikdy se neoženil, ale své první lásce – Anně Holinové to pravděpodobně nabídl. Anna Holinová byla jeho celoživotní láska , věnoval jí řadu svých básní, ostatní ji nazývají věčnou Nerudovou nevěstou. Jeho druhou láskou byla spisovatelka Karolína Světlá , kterou považoval za ideální ženu . Karolina Světlá jej povzbuzovala při jeho tvorbě a často mu také finančně vypomáhala. On jí byl zase rádcem při jejích prvních literárních pokusech. Když mu pak jednou hrozilo vězení pro dlužníky , prodala Karolina Světlá rodinný šperk a peníze mu půjčila. Celá událost se ale dostala na veřejnost a rozezlený manžel Karoliny Světlé, prof. Petr Mužák , jej donutil, aby mu vydal všechny dopisy , které kdy dostal od jeho ženy. Na manželce si zase vymohl slib , že se s Nerudou už nikdy nesejde . Tak navždy skončilo přátelství Karoliny Světlé s Janem Nerudou. V roce 1862 se znovu zamiloval, tentokrát do patnáctileté dívky Terezie Marie Macháčkové (měla sestru dvojče Marii Terezii), dcery továrníka z Králova Dvora u Berouna (některé prameny nesprávně uvádí Dvůr Králové). První milostný dopis se jí však odváží poslat až o tři roky později, kdy už je ale Terezie těžce nemocná tuberkulózou . Téhož roku Terezie zemřela. Jako starý se zamiloval do jisté Boženy (příjmení je neznámé), která v tu dobu byla velmi mladá.
Po celý svůj život se cítil zneuznán a od toho se odvíjel jeho často až záporný vztah k lidem . Měl problémy s alkoholem . Kvůli svým pravidelným návštěvám hostinců se dostával do řečí pražské společnosti a vídeňský list Montagsrevue o něm jednou hanlivě napsal, že je líný a oddává se pití kořalky (on sám psal: " Do padesáti jsem miloval, od padesáti je mi líno, do padesáti jsem pivo pil, od padesáti piji víno "). Pravdou je, že nevynikal pílí a protože neměl jiný příjem, musel na sklonku života psát jeden fejeton týdně do Národních listů , aby vůbec přežil. Jak píše Ladislav Quis ve svých memoárech : A ty fejetony psal těžce, s přemáháním, často si mi na to stěžoval a též mi o tom psal. Většinu života prožil v nouzi , na čemž měl alkohol jistě velký podíl.
Návštěvy hostinců musel omezit v roce 1879 , kdy onemocněl zánětem žil a od té doby už mohl jen těžko chodit do schodů . Nedocházel už ani do redakce Národních listů a fejetony od něj odnášel poslíček. V roce 1888 uklouzl v zimě na náledí , roztříštil si čéšku a toto zranění se mu už nikdy zcela nezhojilo. Zemřel 22. srpna 1891 na rakovinu tlustého střeva .
Byl pochován na Vyšehradském hřbitově v Praze. Měl být jako první pohřben na pražském Slavíně , ale na své vlastní přání byl pohřben do hrobu "pod širým nebem".