Během svého života si získal renomé především jako pedagog, resp. teoretik pedagogiky a autor mnoha spisů z tohoto oboru. Byl jediným tvůrcem originální, filosoficky ukotvené pedagogické soustavy v českých zemích, zabýval se všeobecnou teorií výchovy, didaktikou , vytvořil speciální metodiku výuky jazyků a sám sepisoval originální učebnice. Už za Komenského života si získaly mimořádnou oblibu jeho jazykové příručky Janua linguarum reserata ( Brána jazyků otevřená ) a Orbis sensualium pictus (Svět v obrazech). Komenský je považován za zakladatele moderní pedagogiky a vysloužil si přízvisko Učitel národů.
Literární odkaz Jana Amose Komenského, který byl coby nekatolík nucen od roku 1628 působit v exilu, je velmi obsáhlý a různorodý. Psal latinsky i bohatou a působivou češtinou. Tvořil spisy encyklopedické a jeho ideálem byla pansofie (vševěda), objímající veškeré tehdejší vědění, zanechal však také díla teologická i teosofická, hymnologická i hymnografická či všenápravná (výchovná, ale přesahující rámec didaktiky). Do obecného povědomí se zapsal také jako autor nejslavnějšího česky psaného díla 17. století s názvem Labyrint světa a ráj srdce .
Místo jeho narození není známo, jako pravděpodobná místa se uvádějí Uherský Brod (jak je uvedeno v Naardenu na náhrobní desce) nebo Nivnice (Komenský v některých dokumentech připojoval k podpisu Nivnický, Nivanus, Nivnicensis ). Občas se zmiňuje i Komňa (z čehož by mohlo vzniknout příjmení Komenský, Comenius), odkud pocházela otcova rodina. Jisté je, že se narodil na Moravě a Moravu celý život považoval za svou vlast. Například Clamores Eliae (Křiky Eliášovy) z druhé poloviny šedesátých let dedikuje „Milé matce mé vlasti, zemi moravské, jeden z věrných synů jejich…“. Jan žil s rodiči v Uherském Brodě (pocházel z měšťanské rodiny). Jeho otec Martin Segeš (orig. Szeges) († 1602–4), byl významným členem Jednoty bratrské , jeho matkou byla Anna Chmelová. Po smrti rodičů a dvou ze čtyř (Kateřina, Markéta, Ludmila a Zuzana) sester ( 1604 ) se o něj starala jeho teta ve Strážnici , kde začal studovat.
Roku 1608 začal studovat na latinské škole (gymnáziu) v Přerově , odkud v roce 1611 odešel na vysokou školu do Herbornu . Již při studiu začal pomáhat profesoru teologie a nejmladšímu členu profesorského sboru Johannu Heinrichu (Janu Jindřichu) Alstedovi s pracemi na obecné encyklopedii . Alsted se pro Komenského stal vzorem. Sám pak začal psát dvě velká díla: Poklad jazyka českého , což měl být velký slovník, a dále encyklopedii Divadlo veškerenstva věcí . Tato díla nedokončil. Roku 1613 Jan navštívil Amsterdam , v té době vysoce rozvinuté město Evropy . Odtud se vypravil na univerzitu do Heidelbergu v Německu , kde ovšem strávil pouze jeden semestr. Poté se roku 1614 vrátil přes Prahu do Přerova , jako rektor latinské školy. V roce 1616 byl vysvěcen na kazatele a následně odešel do Fulneku , kde působil jako rektor tamější školy a jako kazatel Jednoty bratrské . Ve Fulneku poznal i svou první ženu Magdalénu Vizovskou, která měla žít v Třebíči spolu se svým otcem, Komenský zde vykoupil věno své ženy v podobě domu na Jejkově . V této době psal spis Listové do nebe .
Po porážce stavovského povstání ( 1621 ) byl nucen opustit Fulnek a skrývat se na různých místech v Čechách a na Moravě , protože odmítal konvertovat ke katolictví . Po roce ukrývání (roku 1622 ) mu na mor zemřela žena a jeho dvě děti, které zůstaly ve Fulneku. Pod vlivem událostí psal filosofické spisy Truchlivý , Hlubina bezpečnosti a později Labyrint světa a ráj srdce . V roce 1624 začal Jan působit v Brandýse nad Orlicí , kde se seznámil se svou druhou ženou Marií Dorotou Cyrillovou, která opět pocházela z Třebíče (z rodu Jana Cyrila Třebíčského-Špalka), se kterou měl dcery Dorotu Kristinu, Alžbětu a Zuzanu a syna Daniela. [6] Dcera Alžběta si vzala Petra Figula Jablonského , z tohoto svazku měl Komenský 5 vnuků, dcera Marie si vzala Jana Molitora.
Na podzim roku 1627 se během svého tajného pobytu ve východních Čechách seznámil s Kristinou Poniatowskou , schovankou Angeliny Zárubové z Hustiřan, majitelky panství Horní Branná . Sedmnáctiletá Kristina trpěla duševní chorobou, prý po zhlédnutí komety nad zámkem 12. listopadu 1627 upadala do vytržení a prorokovala budoucnost. Komenský dorazil do Horní Branné, aby proroctví zapsal.
V roce 1628 odešel (spolu s Poniatowskou) do exilu do polského Lešna , které se stalo centrem bratrské víry. Zpočátku doufal, že se brzy vrátí zpět do vlasti, proto psal česky. Začal psát učebnice a připravoval plán na zlepšení organizace školství, např. v díle Navržení krátké o obnově škol v Království českém . V Lešně byl zvolen biskupem a písařem, brzy se stal i zástupcem rektora gymnázia , což vedlo k jeho zájmu o pedagogiku . V tomto období vznikla velká část jeho děl, především pak z oblasti pedagogiky jako např. Česká didaktika . Ta měla být původně součástí velkého díla, které chtěl nazvat Ráj český . Obsahem měla být teoretická, didaktická a praktická část, která by sloužila rodičům a učitelům. Napsal Velkou didaktiku, kterou později přepracoval do latinské podoby Didactica magna a začal pracovat na Vševědě (Pansofii) . Komenskému postupně jeho díla jako Brána jazyků otevřená a Informatorium školy mateřské zajistila věhlas po celé nekatolické Evropě . Byl zván na univerzity několika zemí, nabídky však odmítal. První významnou nabídku Jan přijal až roku 1641 , kdy se rozhodl vyhovět pozvání anglického parlamentu na přednáškové turné, během něhož vystoupil i před Královskou akademií věd . V této době vyjádřil své myšlenky ve spise Via lucis . Kvůli zvyšujícímu se tlaku občanské války Komenský Anglii opustil, avšak zanedlouho dostal pozvání z řady dalších zemí. V tuto dobu si Jan uvědomil, že právě prostřednictvím těchto nabídek může rozšířit svůj vliv a své myšlenky.
Roku 1642 odešel přes Amsterdam do Švédska , kam byl pozván, aby vedl reformu tamního školství a napsal pro ni učebnice . Vznikl zde spis Nejnovější metoda jazyků . Kvůli rozporům s donátory i spolupracovníky nakonec učebnice požadované švédským kancléřem Komenský nevytvořil a to ani na nátlak ochránce Louise de Geera. Zato zde vznikla část Obecné porady o nápravě věcí lidských . Roku 1648 se společně s těžce nemocnou manželkou vrátil zpět do Lešna , kde působil jako biskup . V Lešně jeho druhá žena 26. srpna zemřela a již o rok později se v Toruni oženil potřetí, tentokrát s o více než třicet let mladší Janou Gajusovou pocházející z Týna nad Vltavou . Když byl v roce 1648 uzavřen vestfálský mír a tím skončila třicetiletá válka , skončily též naděje českých exulantů na návrat do vlasti. Komenský se loučil s vlastí a církví spisem Kšaft umírající matky jednoty bratrské .
Komenského busta v maďarském městě Sárospatak
Roku 1651 přijal pozvání uherského knížete Zikmunda Rákocziho do Sárospataku , kde měl u jeho dvora organizovat reformu školství a pansofickou sedmiletou školu. Poprvé měl tedy možnost ověřit si své názory v praxi. Otevřeny byly ovšem jen 3 třídy, jež byly nazvány Vestibulum, Janua a Atrium. Pro své žáky vytvořil příručku Pravidla mravů a také zde vznikla učebnice Svět v obrazech a Škola hrou . Z ní Komenský s úspěchem předváděl, nakolik jsou děti schopné podat dramatický divadelní kus, ve školním prostředí. Roku 1651 Jan také oddal falckou princeznu Jindřišku Marii s knížetem Zigmondem , jejich manželství však nemělo dlouhého trvání.
V letech 1654 – 1656 opět pobýval v Lešně , kde pracoval na Pansofii , vydal Slovník české řeči a Slovník pansofických definic . Roku 1654 Švédsko napadlo Polsko , avšak válka se nějakou dobu Lešnu vyhnula. V roce 1655 přišlo švédské vojsko k Lešnu a čeští a moravští bratři v čele s Janem Amosem Komenským "zachránili" Lešno před dobýváním Švédy otevřením městských bran. Komenský píše oslavnou řeč o švédském králi a čile se druží se švédským velitelem Schichtlingem. 27. dubna 1656 ale začalo deset tisíc polských partyzánů město obléhat a při následném požáru přišel téměř o všechen majetek i cenné rukopisy jako Česko-latinský slovník , na kterém pracoval prakticky celý život a který považoval za stěžejní dílo. Komenský musel kvůli kolaboraci se švédy z Polska prchnout, jeho útěk je proveden na poslední chvíli a stěží zachrání život. Přišel také o většinu Pansofie a Metafyziky a další díla. Tuto ztrátu nesl velice těžce a nikdy se z ní zcela nevzpamatoval. Na pozvání svého přítele Louise De Geera se v roce 1656 uchýlil do Amsterdamu .
Konec svého života (14 let) strávil v holandském Amsterdamu v bytě na jedné z nejlepších ulic, kde se konečně mohl v klidu a pohodlí věnovat pracím všenápravným. Proto také odmítl profesuru na Amsterdamské akademii. Společníkem mu zde byl například Rembrandt van Rijn a se zhoršujícím se zdravím také čím dál častěji lékař Nicolaes (Mikuláš) Tulp (můžeme ho najít na Rembrandtově Anatomii dr. Tulpa ). Jan se v této době aktivně účastnil mírových jednání anglicko-nizozemské války. V Amsterdamu byla vydána polovina z celého Komenského díla, například soubor 43 spisů pod názvem Opera didactica omnia (Veškeré spisy didaktické) , které se setkaly s velkým ohlasem, dále jednotlivé části Všenápravy : Všeobecné probuzení , Všeobecné osvícení , Pansofie , Vševýchova a Všemluva a menší díla jako Jedno potřebné , které bývá považováno za závěť lidstvu. Navzdory usilovné práci a pomoci syna Daniela, zůstala mnohá díla více či méně nedokončena.
Zemřel po dlouhodobých zdravotních problémech, ve společnosti své ženy Jany, syna Daniela, přítele a lékaře Mikuláše Tulpa, 15. listopadu 1670 . Byl pohřben v kostelíku v Naardenu .