Vystudoval gymnázium v Praze . Poté absolvoval roční vojenskou službu. Následně odešel jako bankovní úředník do Vídně . Toto místo chtěl považovat jen za dočasné, nakonec tam však zůstal přes 30 let až do první světové války . V této době také vznikla nejpodstatnější část Macharova básnického i publicistického díla, sblížil se s T. G. Masarykem a stal významným členem Realistické strany . Již před 1. světovou válkou vystupoval jako nepřítel prázdného vlastenectví .
Po roce 1918 se na přání Masaryka vrátil do Československa a přijal úřad generálního inspektora československé armády. Funkce se však roku 1924 vzdal, protože již v této době se projevovaly jeho názorové rozpory s Masarykem. Později byly jeho názory vyloženě protimasarykovské a stal se stoupencem krajní pravice. V letech 1918 – 1919 zasedal v Revolučním národním shromáždění .
Patřil mezi svobodné zednáře . Byl též navržen na Nobelovu cenu za literaturu.
V roce 1998 byla urna s jeho popelem převezena do Brandýsa nad Labem, kde je uložena v 1. patře místního gymnázia, které se na jeho počest přejmenovalo na Gymnázium Josefa Svatopluka Machara .